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 3学期の全ての授業を終え、卒業式まであと10日となった白金学院高等学校。久美子は、進路が決まらない生徒が数名いるものの、落ちこぼれ揃いだった教え子たちがなんとか全員揃って卒業出来るとあって感無量だった。
 その頃、3年D組の生徒達は、久美子には内緒で卒業旅行として温泉へ行く計画を立てていた。参加するのは、大学合格が決まり両親と海外旅行に行くという南(石垣佑磨)を除く全員。一流大学のダブル合格を決めた慎、建築士を目指して工務店に就職する内山(小栗旬)、ラーメン屋を継ぐために調理師専門学校に進む熊井(脇知弘)らは、最後の思い出作りをしようと盛り上っていた。
 ところが、宿泊先の旅館で、菊乃(中澤裕子)の誘いで静香(伊東美咲)と3人で骨休めの温泉旅行にやってきた久美子とバッタリ!持っていた酒やタバコを久美子に取り上げられた生徒たちは、温泉街で遊ぶこともままならず、結局、静香や菊乃を交えて宴会をすることになった。

 そんな中、宴会を抜け出し、一目惚れした旅館の仲居・若葉(松本莉緒)と会っていた内山が、チンピラのグループに絡まれた。若葉の連絡で助けにやってきた慎、熊井、野田が見たのは、何も抵抗せず殴られっぱなしの内山。今トラブルを起こせば卒業を目前に退学になるかもしれない。慎らは、内山が卒業のこと、久美子の思いやその立場などを考えて無抵抗だったと気付き、一方的に殴られるしかなかった。そこに駆けつけた久美子は、一切手出しをしなかった内山や慎らの思いを知り、一人で次々とチンピラたちを叩きのめす。久美子は、もしこのことが問題になったとしても、喜んで教師を辞める覚悟だった。
 卒業式まであと5日となった日、まだ大学が決まっていなかった野田ら5人の浪人が決定。家庭の事情で就職する者、浪人する余裕がないから滑り止めの大学へ行くという者、様々な進路を目の前にして、3Dの中で分裂が起きた。イライラの余り毒付く野田を慎が殴りつけたことから、思わぬ騒ぎになった。そして、怒りが収まらない野田たちが、路上の看板を蹴飛ばして警察沙汰になり、教頭の猿渡(生瀬勝久)が野田ら数人の卒業式への参加を禁止した。

 今日までいろいろなことを一緒に乗り越えてきた生徒たち全員を、揃って卒業式に出席させたいと願う久美子は、懸命に野田らの説得を続ける。慎も必死に説得したものの、野田らは自己嫌悪から素直になれず、結局出席するとは答えず終いだった。
そのまま迎えた卒業式当日、内山の内定が取り消されるというトラブルが発生!

 最後の最後まで、あきらめずに頑張る久美子。果たして、3年D組の生徒たちを全員揃って卒業式に出席させることが出来るのか?!
 熱い涙と感動が待っている!3年D組卒業スペシャル!!!