な、な、なんと、今夜は世紀の泥棒でありながら、老若男女問わず愛されている“ルパン三世”の劇場デビュー作をお届けします！
このカルトな人気を誇る『ルパン三世 ルパンＶＳ複製人間』を監修したのが、アニメファンなら誰もがその名を知っているアニメーターの大塚康生。今や世界から賞嘆をあびる宮崎駿や高畑勲とともに、『未来少年コナン』や、『じゃりン子チエ』などを手がけ、名作と名高い『ルパン三世カリオストロの城』（79年）に代表されるルパン・シリーズの作画監督をつとめている、天才職人だ。本作が今から30年以上も前の作品なのにまったく古さを感じさせないのは、この天才・大塚康生をはじめとする製作スタッフたちの高度な技術とルパンに対する熱意、そして子どもに媚びることない深味のある物語のおかげ。自らを複製し続けることですでに1万年も生きているという、“神”と名乗る謎の人物・マモーとルパン三世の、「永遠の若さ」を与えてくれる賢者の石を巡る闘いは息つく暇なし。もちろん、0.2秒の早打ちを得意とする拳銃の名手・次元大介と、盗賊の一族に生まれた天下一の剣の使い手・石川五右ヱ門、そして今作でもルパンのハートを手玉にとるスーパー・セクシーな女泥棒の峰不二子（スリーサイズはB99.9cm、W55.5cm、H88.8cm！）も大集合。“とっつあん”こと銭形警部もエジプトまでルパンを追ってくる！
ルパンが処刑された！？
ルパンを逮捕することだけを目標に生きてきた銭形警部に、こんなショッキングなニュースが舞い込む。そこで銭形警部は真相を確かめるべく、ルパンの亡骸が眠るドラキュラ城へと急ぐ。そして棺の蓋を開けると、そこには安らかな顔をしたルパンの死体が……な――――い！ ルパンは生きていたのだ。嬉しさと悔しさが同時に銭形を襲う。そこへ本物のルパンが登場。「おのれ、ルパンめ！！！」。男銭形の刑事としての血が激しく沸き立つのを横目に、ルパンは颯爽とその場を去っていく。
ところ変わってエジプトのファラオの墓。ルパンの次なる目標は、不二子に依頼された、ピラミッド内に眠る「とある石」だ。厳重なセキュリティとしつこい銭形を撒き、相棒の次元と五右ヱ門の強力助っ人も加わり、無事この石を盗みだしたルパンは、依頼主の不二子へと石を手渡す。しかし、不二子もまた自ら“神”と名乗る謎の男・マモーに依頼されていたのだった。一体この石にどんな価値があるのか？ なんと、その石は人間に永遠の生命を与えると言われている「賢者の石」だったのだ。こんな石ころになんの価値があるのか分からないルパンは、不二子に偽物を渡し、彼女の動きを観察することにする。しかし、そのことでマモーの怒りをかい、ルパンたちはマモーの執拗な追跡にあい、さらに不二子の誘惑にまんまと引っ掛かり、ついには捕えられ、本物の賢者の石も奪われてしまう。
罠に落ちたルパンが連れこまれたのは、ナポレオンやヒトラー、毛沢東やジャンヌ・ダルクといった世界史に大きな影響を与えた人物が生きている不思議な島だった。そして、この偉人たちはマモーのクローン技術によって複製された人々で、マモー自身も1万年前から自らを複製し続けた複製人間（クローン）だという驚愕の事実が明かされる。もちろん、そんな非現実的な話はてんで信じないルパン。するとマモーは「君もこのコレクションに加えたい」とルパンの命を狙う。さすがのルパンも危うし！と思われたその時、次元と五右ヱ門が絶妙なタイミングで助けに現れ、マモーを射殺して島から逃げだすことに成功する。
が、これで安心してはいけなかった……。コロンビアの田舎町のホテルで休息をとっていたルパン一行の元へ、死んだはずのマモーが再度現れ、不二子をさらって行ってしまったのだ。不二子に騙されても凝りないルパンにあきれた五右ヱ門はルパンの元を去り、次元はマモーの力を前に諦めモード。ルパンは不二子を助けるため、単身敵陣に乗り込み、マモーとの全面対決を迎える。奇想天外な兵器を操り、謎だらけの島に、無防備で乗り込んだルパンにはたして勝算はあるのか？
誰よりも人間臭いルパンと神との戦いが、今始まった―――。
