日本映画史上に残るビッグ・プロジェクト「20世紀少年」の、３週連続放送も遂に最終話。原作とは異なった「ともだち」の解釈から物語を構築。制作中もその正体はトップ・シークレットとして扱われ、公開に先駆けて行われたマスコミ試写会でもラストがカットされていたほど。そんな衝撃のエンディングが待つ「20世紀少年＜最終章＞ぼくらの旗」が、いよいよテレビ初登場だ。

地球滅亡を目論む「ともだち」は、自分を信じれば救われると説き盲信的な民衆から圧倒的支持を集めていた。２年前の万博開会式以来バラバラになっていたオッチョ（豊川悦司）、ユキジ（常盤貴子）、ヨシツネ（香川照之）、そしてカンナ（平愛梨）らは、それぞれの場所で闘い続けていた。しかし、「しんよげんの書」に書かれた、地球最後の日はすぐそこに迫っている。仲間たちは「ともだち」の計画を止めることができるのか？　そして行方不明になったままのケンヂ（唐沢寿明）はどこにいるのか？

正義の味方に憧れるケンヂたちの他愛もない空想から生まれた凶悪な犯罪者「ともだち」。「ともだち」とは一体誰なのか？　そして「ともだち」がこんな計画を企むようになったのは何故なのか？　シリーズを通しての最大の謎が、様々な角度から解き明かされていく。ケンヂと仲間たちが忘れてしまっていた記憶の断片、ケンヂの姉・キリコ（黒木瞳）の失踪の理由、そして「ともだち」の友人たちの複雑な思い…。「第１章」「第２章」で張り巡らされていた伏線を、丁寧に、かつスピーディーな演出でしっかりと拾い上げていき、思いがけないエンディングにむけてストーリーは一気に加速していく。

真相が明らかになるにつれて見えてくる、お面に隠された「ともだち」の素顔。クラスで目立つ存在の少年に憧れ、彼の気をひくために様々な手段を尽くす子どもたち。そして、物語の中で様々なキャラクターによって幾度となく繰り返される「ぼくとともだちになってくれる？」という素朴な問いかけ。友達との関係に一喜一憂し、その後の運命まで左右されてしまう少年たちの姿は、誰にとっても他人ごととは思えない切実さで胸に迫る。

少年時代の心の傷を癒す術を知らないまま、大人になることを拒み続けている「ともだち」。一方、「子どものころに夢見た自分」になることを諦めて、大人になることを選んだケンヂたち。この「最終章」は、望む・望まないにかかわらず大人になってしまった男たちがもう一度少年時代の自分と向き合い、自分に誇れる自分を取り戻していく過程を描いた中年男の成長物語でもあるのだ。

本作でもゲスト出演陣はとにかく豪華。高嶋政伸やロンドンブーツ１号２号の田村淳、格闘家の武蔵に、吉田照美、福田麻由子などなど。奇妙な建築物が立ち並ぶ万博会場や、60年代風に作りこまれた「未来の東京」の街並み、巨大ロボットや宇宙船、地球防衛軍の衣装に至るまで。制作者の遊び心と原作への愛情が溢れるセットや小道具も見逃せない。

「悪になるのは大変だ。正義の味方になる方がよっぽどラクだ」。そう言いきって、闘いに赴くケンヂ。そんな彼の姿は、世界を守るために必要なのはほんの少しの勇気なのだと教えてくれる。ケンヂは愛する人たちの命を、そして「ともだち」を救うことができるのか？

2017年。ともだち暦３年。世界大統領を名乗る「ともだち」によって封鎖された東京は、まるで1960年代のような街並みに作りかえられていた。「ともだち」は2017年８月20日に宇宙人が襲来して世界が滅びると予言、自分を信じる者だけが滅亡から逃れることができると説き、熱狂的な信者を増やし続けていた。

ヨシツネ（香川照之）は「ゲンジ一派」として、カンナ（平愛梨）は「氷の女王」として、それぞれ過激な反政府地下組織を率いて活動中。長い逃亡生活の末ようやく東京に潜入したオッチョ（豊川悦司）は、ラジオから流れるケンヂ（唐沢寿明）の歌声を耳にする。それはオッチョも聴いたことのないケンヂの新曲。ケンヂの生存を確信したオッチョは、神様（中村嘉葎雄）の元を訪れ、カンナの行方を探ろうとする。同じ頃、ヨシツネもユキジ（常盤貴子）を通じてカンナを探そうとしていた。

演歌歌手の春波夫（古田新太）と行動を共にしていたマルオ（石塚英彦）は、キリコ（黒木瞳）が身を寄せているというコミュニティへ。そこでキリコを匿っていたのは、ケロヨン（宮迫博之）。キリコは自らの身体を実験台に、「ともだち」が使おうとしている細菌兵器のワクチンを開発していた。死を覚悟したキリコの口から、彼女と「ともだち」の関係が語られる…。

その頃、ギター１本背中に背負って、スーパーカブにまたがり一路東京へ向かっている男の姿が。「矢吹丈」と名乗るその男は東京への関所をニセ手形でアッサリ通過、関所の管理事務所へと入っていく。管理事務所には酒びたりになった万丈目（石橋蓮司）の姿が。「ともだち」の右腕として働いてきた万丈目は、罪の意識にさいなまれていた。「矢吹丈」ことケンヂは、現実から逃げようとする万丈目を諭し、そのまま再び東京へとバイクを走らせる。

自分を守るために多くの人々が命を落としていくのに耐えきれなくなったカンナは、「ともだち府」に総攻撃をかけようとしていた。そんなカンナに、オッチョはラジオから流れるケンヂの歌声を聴かせる。ケンヂが生きていることを知り、武装蜂起を諦めたカンナのアジトに地球防衛軍が突入。カンナとオッチョは、仲間を逃がすため防衛軍の捕虜になることに。そして遂にカンナは「ともだち」と対面。８月20日にばら撒かれる細菌兵器から逃れられる、唯一の場所のヒントを聞き出すことに成功する。

一方オッチョは、「ともだち」のもとで働いている双子のヤン坊・マー坊（佐野史郎）と再会。彼らに連れられて行方不明になっていた敷島博士（北村総一朗）のもとを訪れていた。敷島博士は、予言を現実にするために必要な、巨大ロボットや円盤の製造を担当していたのだという。双子は、「ともだち」の計画を阻止するために、ロボットや円盤を追撃する力を持つ高性能ミサイルランチャーをオッチョに渡す。

そして運命の2017年８月20日。多くの都民の命を救うため、カンナは仲間とともに行動を起こしていた。マルオとケロヨンは細菌兵器のワクチンを持って奔走。オッチョとユキジ、ヨシツネも、それぞれが信じるもののために突き進んでいた。そして、カンナと「ともだち」を救うために、ひた走るケンヂ…。「ともだち」の計画を阻止することができるのは、「ともだち」の友達だけだ。ケンヂは「ともだち」を止めることができるのか？　すべてのカギは大阪万博が開催されていたあの夏が握っている！