秋でホグワーツ魔法魔術学校の5年生に進級するハリー(ダニエル・ラドクリフ)。しかし何故か親友のロン(ルパート・グリント)やハーマイオニー(エマ・ワトソン)からの連絡も途絶え、いつにもまして孤独な夏休みを過ごしていた。ある日、従弟のダドリー(ハリー・メリング)と歩いていると、突然ディメンター(吸血鬼)が襲いかかってくる。自分たちの命を守るために思わず魔法を使ってしまったハリーは、人間界で魔法を使った罪でホグワーツから退学処分を受けることに。
その決定は、「闇の帝王」ヴォルデモート(レイフ・ファインズ)の復活をなかったことにしたい魔法省の差し金だった。ダンブルドア(マイケル・ガンボン)の暗躍により、魔法省でハリーの尋問会が開かれることになる。尋問会を前にハリーが連れて行かれたのは、ダンブルドアがかつてヴォルデモートと戦うために結成した「不死鳥の騎士団」のアジト。そこでハリーは、ロンやハーマイオニー、シリウス・ブラック(ゲイリー・オールドマン)と再会する。
尋問会の結果ハリーの退学処分は撤回され、無事に新学期が始まった。ホグワーツには闇の魔術に対する防衛術の教師として、アンブリッジ(イメルダ・スタウントン)が着任。魔法省からのスパイとして派遣された彼女は、徐々に学生の自由を奪っていく。しかもヴォルデモートの復活はハリーの作り話だという噂が蔓延し、ハリーは孤立。ホグワーツの管理人でありハリーの良き理解者ハグリッド(ロビー・コルトレーン)も行方不明で、ダンブルドアまでがハリーと距離を置こうとしている様子だ。傷つき自分の殻に閉じこもったハリーは、悪夢にうなされるようになる。
アンブリッジの横暴ぶりは日に日にそのパワーを増し、学校の授業で実践的な魔法を学ぶことができなくなっていた。しかしシリウスによれば、ヴォルデモートは本格的に活動を始めているらしい。このままではヴォルデモートが襲ってきても、学生たちは自分の身を守ることができない。魔法省のやり方に反発したハーマイオニーが中心となって、学生たちの秘密組織「ダンブルドア軍団」を結成。実際に闇の魔術と戦った経験を持つハリーが、講師として自分の身を守るための魔法を教えることになる。
「ダンブルドア軍団」の特訓が始まった。学生たちが成長していく中で、ハリーは少しずつ自信を取り戻し、同時にチョウ・チャン(ケイティ・リューング)との恋も進展していく。冬休み直前、遂にハリーとチョウはヤドリギの下で初めてのキスを交わす。
しかし、ハリーの心は少しずつヴォルデモートに浸食されていた。スネイプ(アラン・リックマン)はその力に対抗するための訓練をハリーに科す。そんな中、アズカバンからベラトリックス(ヘレナ・ボナム=カーター)ら凶悪な囚人が脱獄。そして、ダンブルドア軍団の活動が明らかになり、首謀者として魔法省に捕まりそうになったダンブルドアは姿を消した。結局、ダンブルドアの後任としてアンブリッジがホグワーツの校長に就任。ハリーは窮地に立たされるが、ハーマイオニーの機転で反撃を開始する。
遂にヴォルデモートに率いられる死喰い人の一団と対峙し、本当の戦いに身を投じることになったダンブルドア軍団。彼らの危機に不死鳥の騎士団も駆けつけるが、闇の魔法が容赦なく襲いかかる。壮絶な死闘の末に、ハリーが目にするのは…!


11月19日、遂に日本公開を迎える「ハリー・ポッター」シリーズ最終章「ハリー・ポッターと死の秘宝 PART1」。その公開を記念して、最終章へ向けてハリーが新たな一歩を踏み出すシリーズ第5作「ハリー・ポッターと不死鳥の騎士団」をノーカットでお届け。
ハリーたちの成長に合わせて、描かれるテーマもますますディープに。身近な人の死や大切な人の裏切りに遭い、他人を信じられなくなってしまうハリー。弱い心にヴォルデモートの魔の手が伸びて、ハリーはダークサイドに堕ちる寸前! そんな彼が他者と自分の弱さをありのままに受け入れ、やがて友人の先頭に立って行動を起こすまでに成長していく。その過程でロマンティックなファーストキスも経験! 長年のファンにとっては、まるでわが子の自立を見るような誇らしさと照れくささが訪れるはず。そして幼いハリーが何故ヴォルデモートに殺されずにすんだのか…2人の関係というシリーズ最大の謎にも、遂にメスが入れられるのだ!