東京の郊外にある国立東京微生物研究所が何者かに襲われ、爆破された。人命を脅かす危険性のある細菌を扱う施設だけに警察は慎重に捜査を進めようとするが、ネット上には犯行声明が。「赤いシャムネコ」を名乗る犯人は、手に入れた殺人バクテリアを使ったテロの可能性を予告。10年前に壊滅状態にさせられた「赤いシャムネコ」が復活したのだ…。
数日後。コナン(高山みなみ)は、蘭(山崎和佳奈)や小五郎(小山力也)、灰原(林原めぐみ)、少年探偵団の面々とともに大阪行きの飛行船に乗船していた。その飛行船は、園子(松井菜桜子)の叔父で鈴木財閥の相談役である次郎吉(永井一郎)が所有するもの。彼は目の敵にしている怪盗キッド(山口勝平)を捕まえるため、宝石「天空の貴婦人(レディー・スカイ)」を飛行船に展示、キッドに挑戦状を叩きつけていたのだ。キッドの犯行予告によると、彼が現れるのは大阪に到着する直前。それまで一行は優雅な空の旅を楽しめるはずだった。
予定通り離陸し順調に飛行を続ける飛行船。「天空の貴婦人」を見学に出かけた蘭は、そこに居合わせたウェイターが変装したキッドであることを見破った。警察に知らせようとする蘭を止めるため、キッドはとっさに新一(山口勝平)のフリをする。キッドの正体が新一…信じられない思いの蘭だったが、2人しか知らないはずの思い出をキッドが口にするのを聞いて、思わず彼を見逃してしまう。
そんな中、次郎吉のもとに「赤いシャムネコ」から連絡が入る。彼らは飛行船の喫煙室に殺人バクテリアを撒いたと言い、その言葉通りに空のアンプルが発見された。そしてフリージャーナリストの藤岡の身体には、細菌の感染を示す赤い湿疹が…。それを知ったコナンは危険を察知、勝手に船内探検に出かけた少年探偵団を追って、船の裏通路へ向かう。
その直後、ヘリコプターで現れたテロリストたちが飛行船を制圧。彼らは船内に爆弾を仕掛け、もう一つのアンプルを手に、飛行船を大阪に向かわせるよう指示する。コナンは人質として犯人に捕まった灰原と連絡を取りながら、隠された爆弾の解体に着手。しかし、乗り合わせた報道陣の密告により、少年探偵団ともどもテロリストに発見され、船から投げ出されてしまう。
空中に放り出されたコナンを救ったのは、なんと宿敵のキッド。キッドのグライダーで地上に降り立った2人は、飛行船に戻るためにひと芝居打つことに! 一方、船内では細菌の感染者が次々と判明。最初の感染者である藤岡に腕を掴まれた蘭は、自分が感染している可能性に怯えていた。同じ頃、テロリストたちの犯行声明を受け、飛行船の終着地である大阪は大パニックに。大阪の平次(堀川りょう)と和葉(宮村優子)、和葉の親戚の少年・聡(大橋のぞみ)は、コナンと連絡を取り合いながら犯人の狙いを推理し、ある場所に向かうことに。
警視庁の助けを得て、飛行船に戻ったコナンとキッド。「天空の貴婦人」を手に入れるために、事態が収束するまで傍観を決め込むキッドを尻目に、コナンは船内に忍び込む。テロリストが再び仕掛けた爆弾は処理するが、犯人の狙いが読めず戸惑うコナン。そんな中、細菌の感染を示す発疹が現れた蘭は隔離室へ。その様子を覗いていたコナンは衝撃の事実に思い当たる…。
遂に近畿地方に突入する飛行船。コナンはテロリストたちの真の目的を暴き、殺人バクテリアの拡散を止めることができるのか? 「天空の貴婦人」を狙うキッドとコナンの対決の行方は? そしてキッドを新一だと誤解した蘭の恋心は…? 蘭を、飛行船の乗客たちを、そして平次たち大阪の人々を守るため、コナンは単身、テロリストに立ち向かう!


全国の江戸川コナン/工藤新一ファンの諸君、そして彼に恋する女子のみなさま、お待たせしました!! 4月15日はコナン&新一の活躍を4時間に渡って楽しめるスペシャル・フライデー。19時からは溝端淳平&忽那汐里出演のスペシャルドラマを放送。そして21時からは昨年のGWに公開された劇場版「天空の難破船(ロスト・シップ)」がテレビ初登場だ!
そんな派手なアクションを引きたてるのが、飛行船「ベル・ツリーⅠ世号」。1930年代にドイツで制作されたヒンデンブルグ号をモデルにした"空の豪華客船"だ。その名にふさわしく宿泊施設まで完備したゴージャスでスタイリッシュな飛行船の全貌をフルCGならではのマルチアングルで見せる演出は、「タイタニック」を彷彿とさせる贅沢さ。