ヘレン・ベンソン博士(ジェニファー・コネリー)は、隕石から採取された微生物などの研究を主とする地球外生命学者。一年前に亡くなった夫の息子・ジェイコブ(ジェイデン・スミス)と2人で暮らしているが、反抗期気味のジェイコブを持てあましてしまうこともしばしばだ。
ある日、ヘレンは緊急事態だと政府から招集される。彼女のほかに集められたのは、核や軍事の専門家、地質学者など多様な分野のスペシャリストたち。彼らは、小惑星と思われる物体が地球に接近中で、約70分後にはその物体がマンハッタンに衝突することを知らされる。住民を避難させている時間はなく、ミサイルで迎撃することも難しい。彼らは衝突を回避するためではなく、衝突後の混乱に対処するために集められたようだ。ヘレンは隠し持っていた携帯電話でジェイコブに地下室に逃げるよう告げ、上空で衝突に備えることになる。
衝突予想時刻、小惑星の代わりに現れたのは眩い光の球体だった。軍や警察が警戒態勢を取る中、その球体はセントラルパークに着陸。中から現れた二足歩行の生命体に、一人の兵士が思わず発砲してしまう。その瞬間、巨大なロボットが彼を守るように現れ、一瞬にして軍と警察の動きをストップさせてしまった。
ヘレンたち危機対策チームは、銃撃された生命体を治療。するとその外皮がはがれ落ち、中から人間の外見をした物体(キアヌ・リーブス)が現れる。驚異的なスピードで成長を遂げたその生き物は、人間と同じ言語を操るまでになる。男はクラトゥと名乗り、国防長官のレジーナ(キャシー・ベイツ)に自らが地球外文明の代表として地球にやってきたことを告げる。彼が人類をはるかに超えた知性とパワーを持つことを知ったレジーナは、クラトゥの自由を奪うよう命令。しかしヘレンの機転により身の安全を確保したクラトゥは、驚異的なパワーを駆使して施設から脱出してしまう。
その頃、光の球体が世界各地に現れ、逃げまどう人々で世界中が大パニックに陥っていた。一方、軍隊は強烈なパワーを持つ巨大ロボットを特殊な方法で完全包囲することに成功。しかし、最先端の科学をもってしてもロボットの身体の構成物質すら解明することができずにいた。
なんとかたどり着いた郊外の駅で身体に異変を感じたクラトゥは、ヘレンに助けを求めることに。ジェイコブとともにクラトゥのもとに向かうヘレン。「地球を救うためにやってきた」というクラトゥに疑念を抱きながらも、彼が言うままにNYに戻ることになる。
道中、以前から地球に侵入していた老人と接触するクラトゥ。老人は人類が破壊的な生き物であることをクラトゥに報告する。一緒に地球を離れようと言うクラトゥに対して、老人は人間として生きられることの幸せを説き、地球に残ると宣言。老人の真意が理解できないまま、クラトゥは光り輝く球体と交信し、ある指令を実行に移すよう最終判断を下した。その直後、地球上から光の球体が宇宙に帰っていき、事態は終息したかのように見えたが…。
彼の真意を問い詰めるヘレンに対して、地球を救うために人類を滅亡させるという自身の使命を告白するクラトゥ。ヘレンはノーベル賞学者のバーンハート教授(ジョン・クリーズ)とともに、クラトゥを説得しようとする。しかしその頃には、世界各地に突如現れた謎の生命体が、地上のあらゆるものを飲み尽くそうと攻撃を始めていたのだ。
謎の生命体の攻撃を止められるのはクラトゥしかいない。人類を救うため彼と真摯に向き合おうと決意するヘレン。一方クラトゥは、ヘレンとジェイコブの深い絆と彼らが持つ優しさに触れ、少しずつ人間を理解しはじめていた。果たしてクラトゥは人間の罪を赦し、人類を滅亡の危機から救ってくれるのか? 人類の運命が、一人の男の決断にゆだねられた!


環境破壊が進み危機に瀕した地球を救うために、ある使命を負って現れた一人の"地球外生命体"。人類の運命を握るその男が、人類の絆と愛情に触れた時、奇跡が…!! 人類にとって究極の決断が下される瞬間をリアルに描き出し、環境破壊に警鐘を鳴らした問題作が地上波初登場。キアヌ・リーブス演じる宇宙からの使者と、強い絆で結ばれた血のつながらない母子の心の触れ合いを描く、ヒューマンドラマとしても見どころ満点だ。
冷徹に自らの使命を全うしようとする地球外生命体・クラトゥを演じるのは、キアヌ・リーブス。作品のテーマに深く共感したというキアヌは、脚本の制作段階から数々のアイディアを提案。人間とは距離を置き続け心の奥底を悟らせることはないクラトゥが、少しずつ人間を理解していく際の戸惑いと変化を微妙な表情の変化だけで演じ切っている。