透明人間がある研究所を舞台に巻き起こす怖ろしい殺人事件を描いた、ポール・バーホーベン監督による大ヒットサスペンス「インビジブル」。その続編「インビジブル２」では、透明人間が街へ飛び出し、自らの命を守るために殺人を繰り返す。姿の見えない恐怖に一人の刑事が立ち向かう…。スリルとサスペンスに満ちた戦慄のホラーが登場だ。
そんなバトルシーンにも、透明人間ならではのユニークな手法が取られた。例えば透明人間に人が突き飛ばされるシーン。通常、グリーンの全身タイツに身を包んだスタントマンが俳優を突き飛ばして、後からCGでスタントマンを消す方法が取られるのだが、それでは俳優に透明人間が「どこにいる」かが分かってしまう。そのため、現場では長いポールを使って、遠方から俳優を突き飛ばしたり引っかけたりして、思わぬ方向からの重力にバランスを崩した瞬間のリアクションを自然に引き出しているのだ。
あるパーティで、国防総省と強力なパイプを持つライズナー研究所に所属する博士が殺害された。彼は何者かの“姿”に怯え、パーティ会場を飛び出した挙句、自らの携帯電話のパーツで首を切られたのだ。現場にかけつけたシアトル警察のフランク・ターナー（ピーター・ファシネリ）とリサ・マルティネス（サラ・ディーキンス）は、大量の返り血を浴びたはずの犯人を目撃した人間がいないことに疑問を抱く。そこに研究所の所長であるライズナー博士（デヴィッド・マキルレース）と国防総省のビショップ大佐（ウィリアム・マクドナルド）が現れ、フランクたちは強制的に現場から追い出されてしまった。上司からも捜査を諦めるよう命令されたフランクは、犯人が次に狙うと思われる女性・マギー・ダルトン博士（ローラ・レーガン）の警護にあたることに。
半年前に研究所を辞めたマギーだが、研究内容については固く口を閉ざしていた。仕方なく表で張り込みを始めるフランクとリサ。その夜、彼女の周囲にあやしい人影が…。その影の存在に気付きマギーを守ろうとしたリサが、何者かの攻撃により死亡。しかもそこに突然特殊部隊が現れ、マギーの部屋を銃撃しはじめる。彼らは軍隊から、犯人をおびき寄せるためのおとりに使われていたのだ。咄嗟にマギーを連れて逃げだすフランク。彼は姿の見えない犯人とマギーが口論しているのを耳にし、彼女が何かを隠していることを確信していた。
マギーを連れて署に向かったフランクは、上司から彼女を軍に引き渡すよう命じられる。このままでは事件の真相は闇に葬られてしまう。事件解決のため警察を抜け出すフランクとマギー。警察からも軍からも追われるハメになったマギーは、フランクにすべてを話すことに。
国防のために究極の兵器＝見えない兵士を作ることになったライズナー研究所。研究所は人間の透明化には成功したのだが、薬には死に至る副作用があった。マギーはその副作用を抑える緩和剤の研究に成功。実験台にされた元特殊部隊のマイケル・グリフィン（クリスチャン・スレーター）は、その緩和剤を手に入れるためにマギーを狙っているのだ。
グリフィンに何故緩和剤が投与されなかったのか…軍による巨大な陰謀の影が見え隠れしはじめる。その頃、グリフィンはビショップ大佐の前に現れていた。大佐は軍に戻れば緩和剤を投与するとグリフィンに約束するが、大佐のウソを見抜いたグリフィンは、躊躇なく彼を殺害。そしてそこで手に入れたマギーの住所へと足を向ける。
一方、マギーの携帯に送られてきた謎のメールの正体を知るために、そのメールが指定する場所へ向かったフランクとマギー。２人をそこで待っていたのは、ティモシー・ローレンツ（ダーシー・ローリー）。軍の手によって透明人間にされた彼は、副作用に冒され、死を待つのみとなっていた。彼の口から語られたのは、軍の恐るべき陰謀。透明人間化された兵士は、軍の政敵を人知れず闇に葬るための暗殺者として使われていたのだ。その事実が明らかになれば、国を揺るがす大騒動になる！
そんな中、グリフィンがマギーに接触。彼はマギーの妹・ヘザーを人質に取り、マギーをおびき寄せたのだ。そして警察と特殊部隊も、フランクと、そしてグリフィンを確保するため現場に現れる。
グリフィンにマギーを奪われた上、特殊部隊に包囲され逃げ場を失ったフランク。彼は誰もが思いもしない方法で反撃を開始するのだが…！ 彼は自らの命と、マギーの命を救うことができるのか!?
