今、世界中で最も愛されている映画俳優、ジョニー・デップ。今年だけでも「ダーク・シャドウ」「ラム・ダイアリー」「ジャックとジル」と出演作が３本（製作を担当した「ヒューゴの不思議な発明」を含めれば４本！）も公開されている、押しも押されもせぬ人気スターだ。そんなジョニー・デップが「ダーク・シャドウ」でもタッグを組んだティム・バートン監督との名コンビぶりを見せつけた「チャーリーとチョコレート工場」が登場！
お菓子作りの天才なのに、子どもとチューインガムが嫌いなウィリー・ウォンカ。子どもがそのまま大人になってしまったような変人工場長を、楽しそうに演じているジョニー・デップの役作りが秀逸。自分が父親になって「父」について考えることが多くなったというティム・バートンが、映画オリジナルのスパイスとして加えたウィリー・ウォンカの「弱点」も、繊細な演技で見事に魅せきっている。そんな彼と名優クリストファー・リーが紡ぐ父と子の対立と和解を描いた挿話は、奇妙だがすべての父と子に共通する真実に満ちていて胸を打つ。
チャーリー（フレディー・ハイモア）は、ある町のはずれに建つボロボロの家に住んでいる男の子。家は貧しく、おとうさん（ノア・テイラー）は失業中。おかあさん（ヘレナ・ボナム＝カーター）は家庭菜園で作ったキャベツでスープを作ってくれるが、親子３人と、ほぼ寝たきり状態の祖父母４人がお腹いっぱいになるにはとうてい足りない。そんなチャーリーのお楽しみは、年に１回、お誕生日に買ってもらえるウォンカ社製のチョコを家族で食べることだ。
そのチョコレートを作っている工場は、チャーリーが住む町の真ん中にそびえていた。工場主のウィリー・ウォンカ（ジョニー・デップ）はお菓子作りの天才で、数々のヒット商品を世に放っていたが、ある時、工場内に忍び込んだスパイにお菓子のレシピを盗まれたことをきっかけに工場を封鎖。それから15年。工場に出入りした者は一人もいなかったが、生産ラインが止まることはなく、ウォンカ氏の作るチョコレートは世界中のファンを虜にし続けていた。かつて工場で働いていたチャーリーの祖父・ジョーおじいちゃん（デイビッド・ケリー）にとっては、ウォンカ氏が魔法のようにお菓子を生みだす現場をもう一度見ることが夢だった。
そんなある日。思いもしないニュースがチャーリーとジョーおじいちゃんの元に飛び込んできた。世界中で発売されているウォンカ社製のチョコレートに封入された５枚の「ゴールデン・チケット」を手に入れた子どもたちを、ウォンカ氏が工場に招待してくれるというのだ。
最初にチケットを引き当てたのは、ドイツの肥満少年・オーガスタス（フィリップ・ウィーグラッツ）。三度のご飯も好きだが、それ以上にチョコレートが好きな食いしん坊だ。続いて、大金持ちの娘で欲しい物はすべて父親に頼めば手に入ると勘違いしているワガママ娘・ベルーカ（ジュリア・ウィンター）、何でも自分が１番を取らないと気が済まず、今はガムを噛み続ける世界記録に挑戦しているバイオレット（アナソフィア・ロブ）、そして数字でしか物を考えることができないゲームオタクのマイク（ジョーダン・フライ）が、チケットを獲得。最後の１枚を手に入れるため、チャーリーの両親はお誕生日プレゼントをフライング気味で用意するが、チケットは外れ。ジョーおじいちゃんのヘソクリで買ったチョコにもチケットは入っておらず…。諦めムードが家族に漂う中、チャーリーはひょんなことからゴールデン・チケットをゲット！ そのショックで突然歩けるようになったジョーおじいちゃんと一緒に、チャーリーはウォンカ氏のチョコレート工場を訪れることになる。
期待に胸を膨らませて工場に現れた子どもたち。しかし彼らが目にしたのは、青白い顔に仮面のような笑みを浮かべた工場長のウォンカ氏。しかも彼は子どもが好きではなく、「両親」と発音することができないほどのトラウマを抱えていた。というのも、彼の父である歯医者のドクター・ウォンカ（クリストファー・リー）は虫歯の原因となるお菓子を忌み嫌っていて、パティシエを目指すウォンカ氏と決裂。それ以来、父子はすれ違いの人生を送ってきたのだ。
そんなウォンカ氏が率いる工場見学ツアーで子どもたちが目にしたのは、巨大なチョコレートの川と、お菓子の庭園、そして黙々と働く“ウンパ・ルンパ”たち。夢のような体験に我を忘れる一同だったが、そんな中、おデブのオーガスタスがチョコの川に落ちてしまい、待ちかねていたように、ウンパ・ルンパたちが奇妙な歌とダンスを披露し始める…！
次々に子どもたちに下される、ウォンカ氏とウンパ・ルンパによる究極のオシオキ。ウォンカ氏の目的とは一体!? そして５人の中で最後の１人に選ばれる子どもには、どんなご褒美が与えられるのか??
