「金曜ロードSHOW！」でしか観られない「20世紀少年」３週連続TV特別版。その「第２夜」は、「第１夜」のエンディングに起こった「血の大みそか」から15年後、ケンヂがいなくなってしまった世界を舞台に、“最後の希望”ことカンナの活躍を描いていく。
巨大ロボットが東京を襲い、そのロボットを操っていた「ともだち」にケンヂ（唐沢寿明）たちが立ち向かった2000年12月31日から15年後。「血の大みそか」とよばれるその事件を起こしたテロリストとしてケンヂは国賊扱いされ、他の面々は身分を隠して暮らしていた。一方、滅亡の運命にある人類を救うと説いて圧倒的な支持を受けるようになった「ともだち」は、巨大な権力を持って日本に君臨していた。
ケンヂの姉・キリコ（黒木瞳）の娘で、ユキジ（常盤貴子）の後見のもとで高校生になったカンナ（平愛梨）は、ある時、社会のはみ出し者を洗脳する組織「ともだちランド」から脱出したニューハーフ・ブリトニー（荒木宏文）をかくまうことに。彼女によると、「ともだちランド」で特別な人だけしか行くことのできない「ボーナスステージ」に、「ともだち」の秘密が隠されているという…。
「血のおおみそか」のレポートを免れた代わりに「ともだちランド」へ研修に行くことになったカンナとクラスメイトの小泉（木南晴夏）。そこで密かに働いているヨシツネ（香川照之）と再会する。ヨシツネは、「ともだちランド」で異常が起こった時のために、地下組織を作り上げていたのだ。命が危険だというヨシツネの制止を振り切って、カンナと小泉は「ともだち」の正体を知るため「ボーナスステージ」に進出。そこでカンナは少年時代のケンヂと出会い、ドンキーが窓から飛び降りた夜の理科室へ。そこに入ってきたのは…!! 一方、小泉は少年時代のヨシツネとともに、ハットリくんのお面をかぶった少年を追いつめていた。小泉が少年のお面をはぎ取った瞬間…彼女たちの身を守るために、ヨシツネが「ボーナスステージ」の電源をシャットダウンしてしまう。
一方、漫画家の角田（森山未來）とともに刑務所を脱獄したオッチョは、“神様”（中村嘉葎雄）と再会。神様によると、同級生のヤマネ（小日向文世）が経営する製薬会社が最近急成長しているらしい。ヤマネの実家を訪れたオッチョは、逆にヤマネから小学校の夜の理科室に呼び出され、「ともだち」の次の作戦のために新たな細菌兵器を開発したことを知らされる。
ヨシツネのお陰で命は助かったが、「ボーナスステージ」での記憶を失ってしまったカンナと小泉。しかしある日、学校に赴任してきた英語教師の顔を見た小泉が卒倒。彼こそ、小泉が屋上で目撃したハットリくんのお面の男・サダキヨ（ユースケ・サンタマリア）だったのだ。自分の友達になってくれると言いながら、自分を利用するだけだった「ともだち」に対して複雑な思いを抱いているサダキヨは、小泉にあるメモを手渡し、彼女を「ともだちランド」の追っ手から守るために自ら命を絶つ。サダキヨが持っていたのは、事件を追っていたモンちゃん（宇梶剛士）による詳細な捜査メモ。そこには「よげんの書」の続編と思われる「しんよげんの書」の存在と、細菌の研究をしていたカンナの母・キリコの失踪後の足取りが綴られていた。メモを頼りにキリコの行方を探す中でカンナが辿りついたのは、思いがけない事実。「血の大みそか」を引き起こした細菌兵器を生みだしたのは、誰あろうキリコその人だったのだ！
一体仲間の中の誰が「ともだち」を名乗っているのか…。謎を追うオッチョは、新宿の教会で「きゅうせいしゅ」が暗殺されるという「しんよげんの書」の記述を発見。それを止めるために、ユキジやヨシツネと共に「ともだち」のパレードが行われている新宿へ向かうが…。果たして「きゅうせいしゅ」の正体とは？ そして彼らを待ち受ける新たな「よげん」とは!!!
