バスケが好きという共通点以外、正反対のネイサンとルーカスは、実は“同じ父親”という絆で結ばれていた。２人はトゥリー・ヒル高校のバスケチームでスタープレイヤーとなり、彼らを巡る人間関係も変化する。ある事件をきっかけにルーカスは伯父のキースと町を出て、ヘイリーはネイサンと結婚。ペイトンとブルックは友情を取り戻す。しかし、ダンが心臓発作で倒れたという知らせを聞き、ルーカスとキースは、トゥリー・ヒルに戻ることを決意するのだが…。