望月小太郎（三浦春馬）に“サムライ小太郎”が乗り移るようになって３ヶ月。小太郎を恨む岩永仁（賀来賢人）の企みで名刀・村正を盗んだ容疑をかけられた小太郎は、サムライ小太郎に乗り移られ刀を持ったまま逃走してしまう。そして小太郎の体からサムライ小太郎の魂が抜け出し、二人の小太郎が対峙した。サムライ小太郎は小太郎を嵌めようとした岩永と父の岩永浩三（石黒賢）の偽りを暴くため、そして、子孫である小太郎と話をするために刀を持って逃げたのだった。小太郎はサムライ小太郎になぜ自分のところに現れたのかと聞く。その理由が、過去の事情から誇りを取り戻したいからだと語ったサムライ小太郎は、「義を通せば、誇りは取り戻せる」と、学校の教室に立てこもる。駆けつけた小太郎の父・信二（岸谷五朗）の説得にも耳を傾けず、岩永浩三を学校に連れてくるように頼むサムライ小太郎。信二は浩三を呼びに行くが、浩三は同行を拒否する。
