ストーリー

あるクリスマスの日、9歳の少年・時生(大江駿輔)は、母親の美都子(戸田菜穂)とショッピングモールで待ち合わせをしていた。その時、都内で起こっていた連続爆破事件の犯人から次なる爆破予告が警察に入ったというニュースが流れる。爆弾が仕掛けられたのは、時生が美都子を待つ場所だった。美都子は必死に時生を助けようとするが間に合わず、爆発に巻き込まれてしまう。二人は意識不明の重体に陥り、東慶大学病院に運び込まれる。外科医の本間(市村正親)が時生のオペを執刀、切断状態の右手足を縫合し焼けただれた顔の半分に褐色の肌が移植され、時生は奇跡的に一命をとりとめた。回復するまで母に会うことを止められた時生は、リハビリに励む。そして半年後、時生は美都子と再会。しかし美都子は、ずっと意識を取り戻すことなく眠り続けていた。大きなショックを受ける時生だったが、本間から「医学が発達すればお母さんは目覚めるかもしれない」と言われ、医師になって美都子を目覚めさせようと決意する。

それから15年、時生(岡田将生)は24歳の医大生になっていた。彼は後に、高額な報酬を要求する無免許医ブラック・ジャックとして知られるようになる男の若き日の姿だった。時生は、15年前と変わらない姿のまま生命維持装置を付けて人工冬眠状態で眠り続ける美都子と地下室で暮らし、美都子を目覚めさせる方法を探していた。
東慶大学病院理事長の娘であり医大生の優奈(仲里依紗)は、通りで倒れて心肺停止状態に陥った女性を発見し、心臓マッサージをしようとする。そこへ時生が現れ「心臓マッサージより先にすることがある」と、適切な応急処置をほどこして女性を救う。優奈は、時生の鮮やかな処置ぶりを見て、時生を医師と思いこむ。その時に時生は手帳を落とし、優奈が拾う。手帳には、幼い時生と美都子の写真が挟まっていた。

数日後、医師国家試験を受験した優奈は、会場で同じく受験していた時生と再会。時生が医大生と知った優奈は驚き、時生に興味を持つように。その後優奈は、わけあって病院に行けない患者を時生が無免許で治療していることを知る。手帳を返してほしいという時生に優奈は「返してほしければ家まで取りに来てほしい」と告げるのだった。時生が優奈の家に手帳を取りに行くと、優奈の家では優奈の試験終了を祝うパーティーが行われていて、優奈の家族と優奈の恋人・直樹(小澤征悦)と本間が顔をそろえていた。そんな中、優奈の妹・渚(波瑠)が突然倒れ…。