神奈川県警捜査一課の武蔵三郎（櫻井翔）は、１年前の『ガソリンスタンド立てこもり事件』で人質を守るために犯人の命を奪ってしまった。自分を責める武蔵はそれ以来休職し、妻・裕子（比嘉愛未）、娘・えみり（吉田帆乃華）とも別居。現在も心の傷が癒えないまま、裕子が勤める大病院『界星堂病院』で治療を受け続けている。今日はその診察日だ――。
界星堂病院にやってきた武蔵は、心療内科で診察を受ける。ちょうどその頃、一般病棟には院内を視察する知事・長門道江（筒井真理子）の姿があった。心臓外科手術室では裕子がオペの真っ最中。地下駐車場では、人気動画チャンネルを持つ因幡由衣（明日海りお）が何やらスクープを狙っていて――。
診察を終えた武蔵は裕子のスマホにメッセージを残そうとするが、なぜか『圏外』。不思議に思いながらトイレに入ると、奥の個室から、かすかな不審な音が聞こえ……気になって扉を開ける……
突然の爆発音に院内は騒然！直後、１階の救急入口から鬼の面をかぶった武装集団が次々と院内に侵入！銃で威嚇射撃を繰り返し、院内は大パニックに！鬼たちは全ての出入り口を閉鎖すると――「たった今、我々はこの病院を占拠しました」――。混乱の中、武蔵は身を隠しながら必死に裕子を探すが――！
事件発生後、神奈川県警は緊急捜査指揮本部を立ち上げる。県警本部長・備前武(渡部篤郎)の命を受け、管理官の和泉さくら(ソニン)を指揮官として、優秀な捜査官たちが集められた。
突如として占拠された大病院！鬼の目的は！？正体は！？武蔵は人質となった妻を守れるのか――！？１秒も油断できないタイムリミット・バトル・サスペンスが幕を開ける――！！
現場指揮本部では、情報分析を優先するさくらと、被疑者の制圧を急ごうとする警備部管理官・丹波（平山浩行）とで意見が対立。そんな中、非常口で身を潜める武蔵は、警備員から借りた無線機でさくらと連絡をとっていると…人質の中に裕子の姿が――！人質に対し、青鬼は「病院占拠」を宣告。青鬼に説得を試みようとした心療内科医・常陸（水橋研二）は射殺されてしまう。一方、鬼たちの作戦本部状態と化したスタッフステーションのモニターには『百鬼夜行ちゃんねる』という動画配信チャンネルが。人質たちの居場所を特定しようと探し回る武蔵。すると、目の前に黄鬼と白鬼が現れ、銃を乱射！走って逃げる武蔵は、角を曲がりハッと足を止めると、前方で複数台の小型ドローンがホバリング！その中の１つが武蔵に向かってきて――「おいおい、嘘だろ！」――！！