「そこまでです、武蔵刑事」――。すべてを裏で操る『傀儡子（くぐつし）』の正体を突き止めた武蔵（櫻井翔）。しかしその直後、バディを組んだはずの青鬼・大和（菊池風磨）が本性を現し、武蔵にナイフを突きつける――「銃を渡してください、武蔵刑事」。武蔵に協力すると見せかけ、土壇場で裏切った大和。その目的は…！？

一方、爆死の危機が迫る人質たち。恐れをなした都知事候補・沖野（片岡礼子）が、ついに重い口を開いた――「傀儡子は……屋代警備部長です！」。しかし、当の屋代（高橋克典）は、がしゃどくろ（瞳水ひまり）に撃たれ裕子（比嘉愛未）の懸命の処置もむなしく息をひきとった。叔父を亡くした本庄（瀧内公美）は怒りに震え、指揮本部には衝撃が走る…。

そんな中、般若・伊吹（加藤清史郎）が最後の放送を開始！傀儡子は本当に屋代なのか！？伊吹が仕掛けた〝最大の装置〟が発動する…。

武蔵が突き止めた真相とは！？最後、これまで見た景色がガラッと変わる、驚愕の最終回！！