帝京大・遠藤選手(4年)が1kmごろ(以下kmは3区のkm数)単独5位に浮上。
東京国際・丹所選手(3年)は3位に浮上。青山学院・太田選手(1年)の背中を捉える。
2.6kmごろ、帝京大・遠藤選手(4年)はさらに4位へ浮上。
3.5kmごろ、東京国際・丹所選手(3年)が青山学院・太田選手(1年)の横につけ、しばらく並走を続ける。3.7kmごろ東京国際・丹所選手(3年)が2位に浮上。
藤沢のポイントでは1位が駒澤大・安原選手(2年)、2位に東京国際・丹所選手(3年)と青山学院・太田選手(1年)が並び、4位が帝京大・遠藤選手(4年)、5位が3区スタート時点の10位から大きく順位を上げている國學院大・山本選手(1年)。
浜須賀の交差点では、風は穏やかな状態。駒澤大・安原選手(2年)のあとに、6秒差で東京国際・丹所選手(3年)と青山学院・太田選手(1年)が迫ってきている。この3校の首位争いとなり、13km手前、首位に3校が並んだ。
茅ヶ崎では東京国際、青山学院が1位、駒澤大は3位と少し引き離される。変わらず4位は帝京大、5位が國學院大。
18km過ぎ、青山学院・太田選手(1年)が東京国際・丹所選手(3年)を引き離し首位に立つ。帝京大・遠藤選手(4年)は駒澤大・安原選手(2年)を抜き3位へ。
1時間01分00秒で3区を走り切った青山学院・太田選手(1年)は首位で襷を繋ぐ。東京国際が12秒差で2位、3位以下は帝京大、國學院大、駒澤大が続いた。3区を10位でスタートした國學院大は大きく順位を上げている。
区間賞は1時間00分55秒の東京国際・丹所選手(3年)。