立体駐車場での混乱のさなか、謎の刺客・クローバー（武田梨奈）の急襲により、京佳（志田彩良）が連れ去られてしまった。現場に取り残され呆然とする津倉（福士蒼汰）と兵頭（田中樹）をよそに、リヴ・コモンズのアジトでは、堂島（葉山奨之）らが爆弾技師の金子（山崎裕太）が完成させた新たな爆弾を前に、政府への反撃に向けた準備を虎視眈々と進めていた。

そんななか、津倉の元にクローバーから拘束された「京佳」の写真とともに非情なメッセージが届く。一刻を争う状況のなか、津倉はリヴ・コモンズのリーダーである兵頭に接触。半年前の爆弾テロ事件の真実を打ち明け、京佳を救い出すためにともに動き出す。彼女が本当は「紗奈」だと信じる津倉と、「京佳」だと疑わない兵頭。見つめる先は違えど、恋人への想いを胸に手を組む２人だったが、組織の計画を第一とする堂島は強く反発。事態を打破するため、津倉は相棒の翔太（志賀李玖）と連携し、独断のもと、ある行動に踏み出す。だが、この強硬手段によって兵頭との関係にも亀裂が生じてしまう。

後戻りのできなくなった津倉に、クローバーのさらなる陰謀が襲い掛かる。クローバーの指示で爆弾を手にした津倉の姿が「爆弾魔」としてSNS上で瞬く間に拡散され、彼は警察だけでなく一般市民からも追われる絶体絶命の事態に陥ってしまう。さらに、爆弾の奪還を狙う堂島たちの追撃も加わり、街全体が津倉を追いかける極限のかくれんぼが繰り広げられる。

そんな窮地のなか、なんとか捕らわれた京佳のもとへたどり着いた津倉だったが、そこで津倉までもが拘束され、クローバーの手により容赦なく爆弾のタイマーが起動されてしまう。その絶体絶命の末に、彼を待っていたあまりにも残酷な真実とは――。