拓（たく）（坂口健太郎）から預かった『東央大学生殺人事件』のファイルを読んだ楓（かえで）（川口春奈）は、当時大学生だった秋保（あきう）（藤木直人）の妹が殺害され、交際相手だった理工学部の学生が有罪判決後に自殺したという11年前の事件の経緯を知る。弁護を担当していたのは湯布院（ゆふいん）（志賀廣太郎）と共に保駿堂法律事務所を立ち上げた別府（べっぷ）（杉本哲太）の兄・秀治（ひではる）。そして担当検察官は拓の父・真（しん）（草刈正雄）だった。楓の混乱を察した穂香（ほのか）（趣里）は、楓を自宅に招く。4歳の息子・晴斗（はると）のシングルマザーである穂香の意外な半生を聞き驚く楓に、穂香は人それぞれ過去があると言い、拓たちが未だに事件を引きずっているのは冤罪の可能性があったからだと話す。さらに、穂香は拓がここまで冤罪にこだわるのには別の理由があるためだと言う……。

そんな中、拓と楓は事務所が顧問契約している企業・樽前物産の社長の息子・樽前（たるまえ）裕也（ゆうや）（須賀健太）にかけられた射殺事件の冤罪を晴らして欲しいという依頼を受ける。被害者は裕也の大学時代からの悪友・新島（にいじま）彰（あきら）。裕也の部屋からは殺傷能力のある改造エアガンが見つかった他、現場に残された足跡と裕也の靴が一致するなど容疑は限りなく黒に近い。態度も悪く印象は最悪の裕也だが、被疑事実を否認している。拓と楓、パラリーガルの石和（いさわ）（赤楚衛二）は樽前家を訪ね、住み込みの使用人・有珠田（うすた）（吹越満）から裕也が事件当日は部屋にこもって楽器を弾いていたと聞く。三人は、日頃から大音量で楽器を弾く自称ミュージシャンの裕也に近所から度々苦情が寄せられていたことを知る。

その頃、事務所には被害者の新島彰の母を名乗る女性（山下容莉枝）が訪れ、湯布院と穂香に人殺しの裕也の弁護をやめて欲しいと頼んでいた。彰の母は息子が殺されたのは裕也が学生時代にイベントサークルで起こした性的暴行事件について強請っていたためだと話す……。
近所への聞き込みの結果、事件当日に裕也の楽器の音を聞いた人は見つからず、裕也の父から頼まれた有珠田が嘘をついている可能性が浮上する。そして、被害者の母が事務所に来たと聞いた聡子（さとこ）（市川実日子）は、息子と不仲だった新島の母がわざわざ直談判に来たことを不思議に思っていた。
そんな中、穂香の息子・晴斗が誘拐され、事件の弁護をやめなければ子供が死ぬという脅迫メールが届く！拓は以前事務所に来た新島の母が誘拐したのだと直感。しかし本物の新島の母は事務所に来た女とは全くの別人と発覚する！公判が三日後に迫り脅迫がエスカレートする中、晴斗を守るためにも弁護を降りるべきだと話す楓たち。しかし拓はギリギリまで粘ると言い張る！
皆の焦りが募る中、拓は新島の母を名乗った女が話していたイベントサークルでの暴行事件について調べる。女が実名報道されていなかった事件について樽前たちの犯行を知っていたことから、被害にあった学生の親族ではないかと踏んだ拓は、サークルのメンバーを洗い出し、裁判の準備と同時に晴斗探しにも力を入れる。そんな中、楓は拓に代わり秋保の元へ。樽前家周辺で楽器の音が聞こえる範囲を特定した秋保の指示に従い、事件時刻に楽器の音を聴いた住人がいないか探す。
公判前日。楓は樽前家近隣の住人が録画していた野鳥観察用の動画の中に、事件時刻に裕也の楽器の音が入っているのを見つける！さらに、イベントサークルの暴行事件を調べていた聡子から、樽前と新島に恨みを持っている真犯人のことがわかったと連絡が入る。しかし、工事の音で聡子の声が聞こえづらかったことで、拓はあることを閃く！
公判当日。法廷では樽前家の向かいに住む女性が検察側証人として事件当日に楽器の音が聞こえなかったことを証言。楽器の代わりに工事の音が聞こえたか拓に訪ねられた女性は、工事の音は聞こえたと話す。そしてその頃、警察の突入したアパートでは新島の母を名乗った女と共に無事晴斗が発見される！傍聴席の聡子の様子から晴斗が無事だったことを知った拓たちは一安心し、裁判も大詰めを迎える。拓は楓が見つけた野鳥観察用の動画を再生。樽前家の向かいに住んでいた女性が聞こえなかった楽器の音がそれより離れた家で同時刻に聞こえたことに法廷がどよめく中、鑑定証人として証言台に立つ秋保が法廷で再現検証を始める。傍聴席の後ろに裁判官・検察官側に向けたスピーカーを設置し、マスクをつけた拓が証言台に立ち「私の声が聞こえますか？」と問いかける。最初は全員に聞こえていた拓の声だが、スピーカーから工事音に似た高い音が流れ始めると、遠くの裁判官達には聞こえるが近くの検察官には拓の声が聞こえなくなってしまう。秋保はこれを『聴覚特性』による現象と説明。人間の耳は周波数の低い音より高い音の方が聞こえる特性があると話す。事件当日、樽前家の前で行われていた工事で使用されていた器械の高い音の影響で、向かいに住む女性の家には低い楽器の音が聞こえなかった反面、工事の音の影響を受けなかった反対側の住人には楽器の音が聞こえたのだ。
裕也のアリバイが証明された中、証言台には有珠田が呼ばれる。拓は有珠田が樽前家で働き始める前に離婚した妻との間に娘がいたことを話す。拓が有珠田の娘・ユキが大学時代に自殺をしていることに言及した時、傍聴席に刑事に伴われた女が入ってくる。それは晴斗を誘拐した女・丸山（まるやま）依子（よりこ）。依子の姿を見た有珠田は崩れ落ち、新島の殺害について自分の犯行を認める。実は有珠田と丸山依子は元夫婦。大学時代、二人の娘・ユキが裕也たちから性的暴行を受け、それを苦に自殺したことから、復讐の機会を狙っていたのだ。事件当日、買い物を口実に外出した有珠田は新島を殺害、その間に依子が買い物を済ませ、裕也に罪を着せるために有珠田がエアガンや足跡などの状況証拠を揃えたのだ。有珠田が真犯人と知った裕也は法廷で有珠田に罵声を浴びせる。人として最低の裕也を弁護する拓に、有珠田は「こんな男を助けるために弁護士になったのか？」と問う。拓は有珠田の気持ちを汲みながらも「それでも被害者を殺していない」と話し、殺害の公訴事実についてのみ、無罪を主張する。
その後、裁判では裕也の逆転無罪が確定。しかし、暴行の被害にあった女性たちから裕也は改めて訴えられることになり、別府は樽前物産の顧問契約ごと裕也の弁護を突っぱねる。
そして、拓が冤罪事件にこだわる本当の理由が、秋保の妹を殺した疑いをかけられたのが拓の幼馴染だったからだと知った楓は、事件の話を聞くために秋保の元を訪れる……。