小比類巻（ディーン・フジオカ）ら、科学犯罪対策室のメンバーと公安捜査官・手塚（池内万作）は、九竜（升毅）の遺体の傍で呆然とする最上（岸井ゆきの）と遭遇。逃亡した最上を、公安は殺人容疑で追跡。一方、科学犯罪対策室は別所の凶暴化現象について捜査しながら、最上の無実も証明しようと動き出すが…。その矢先、別所のほかにも元少年犯罪者が多数、九竜からワクチン接種を受けていたことが判明。小比類巻たちは彼らを集めて聴取を行うが、そのうちの１人が目の前で突然、別所と同じように凶暴化した直後、亡くなってしまい…！
そんな中、行方をくらませていた最上が小比類巻に接触。「パクス計画」について調べてくれ、と謎の依頼をし…!?