小比類巻（ディーン・フジオカ）と最上（岸井ゆきの）は、交通事故車から姿を消した謎の少年・ナオキ（國島誠雅）を極秘裏に保護。その直後ナオキを匿っていた郡山（深水元基）の惨殺死体が発見。ライデングループの犯行と確信し、何とかナオキの命を守ろうとする小比類巻。そこに、ある思惑を秘めた「ボディハッカージャパン」代表・カーン（安藤政信）が再び近づき…!?
一方、ライデングループの臓器移植用クローン生育施設に関する情報を掴んだ厚労省・三枝（佐藤隆太）は、沢田（平山浩行）の背後で暗躍する元厚労省幹部・椿を追い詰めるため、施設の場所特定に奔走。小比類巻ら科学犯罪対策室もナオキの首に埋め込まれたチップの解析を試み…。