治療を終えた妙子（桜庭ななみ）を「バイオネオ」から奪還した藤木（成田凌）たち。
いまだ妙子の意識が戻らない中、佐々木（安田顕）は藤木たちを捕まえようと血眼になっていた。
一方、藤木たちに、筋川（和田聰宏）から長谷川（桐山照史）が留置所で殺されたと連絡が入る。筋川と共に長谷川の妻・浩子（大後寿々花）に会いに行った美香子（森七菜）は、長谷川が遺したUSBを発見。烏丸（前田敦子）は、その中のデータが佐々木（安田顕）の秘密裏に行った違法な臨床試験に関係あると推理する。
そんな中、ついに妙子が目覚めた……！言葉にならない気持ちを共有し合う藤木と拓郎（松岡昌宏）。
そして、佐々木は留置所内の長谷川を殺したことで警察や政府の協力者たちに見放され、逆に逃亡せざるを得ない状況となっていた。佐々木は幹（堺小春）に、「DDSη（イータ）」と「ガイスト」、そして藤木の血液サンプルを守るよう言い渡す。
一連の事件について説明するべく、警察に出頭する覚悟を固めた藤木だったが、そこに佐々木から連絡が入る。　
ついに、追い詰められた佐々木との最終対決。逃亡の果てに掴んだ、驚愕の真実とは！？