「この事件には、ラスボスがいるーー！」
葵（松村沙友理）が生還し、意識を取り戻し話を聞く新城（北山宏光）。
話は本読みの日に遡り、高澤（淵上泰史）から連絡があり話をしたら、睡魔に襲われ気づくと監禁をされていたという。ただ高澤は何者かに殺されてしまった。
新城は、高澤は自分の意思ではなく葵を監禁した、事件の裏には糸を引く“ラスボス”がいると睨む…！
新城、萌（宇垣美里）、佑季美（田辺桃子）は改めて事件を整理する。
真犯人は高澤と協力して葵を監禁したが、途中2人の間に何かがあり高澤は殺害された。
新城は、“秋葉の神隠し“の被害者”神木春”が真犯人であるという可能性を睨む。そして神木春と同年齢で21歳がここね（小栗有以）、千尋（大原梓）、若菜（MINA）の3人であり、再びこの3人への疑いを強める。このとき萌は若菜の履歴書からある可能性に気づくのだったー
回復した葵は、新城とともに高澤が自らを監禁した理由を探ることを試みる。
一方、新城が不在にしているシロサワゲームズには、千尋が駆け込んでくる。対応した佑季美に、“秋葉の神隠し”について思い出したことがあると告げる。二人はあるモノを手に取ることで過去のトラウマを思い出し、崩れ落ちる…
そして、高澤の死、一連の事件の手がかりを探す新城と葵は、地下アイドル長門ここねと「マジカル小学生リリカ」の生みの親、富岡（阪田マサノブ）の間にある衝撃的な事実を突き止める…！
次々と繋がる、一人一人の行動の理由、過去の出来事、今の思惑――
親友高澤の死の理由が明らかになったとき、新城に再びの試練が降りかかる。
それは、まだ見ぬ犯人の魔の手が愛する娘へ及ぶという最悪の事態だった…！
「AKIBA LOST」開発をきっかけに、新城を不可解な迷宮へと陥れた人物“神木春”がついに正体を現すーー！