2区スタート直後、國學院大・上原選手（4年）を抜き、中央大・溜池選手（4年）が先頭に。

5km（以下kmは区間のkm数）過ぎ、4位グループから早稲田大・山口（智）選手（4年）、城西大・V.キムタイ選手（4年）が抜け出し、さらに、その前を行く学生連合の駿河台大・古橋選手（3年）に並ぶ。

横浜駅を1位で通過したのは中央大・溜池選手。國學院大が1位と9秒差、城西大と早稲田大が1位と30秒差で通過。

12kmごろ、2位の國學院大・上原選手に、3位の早稲田大・山口（智）選手、城西大・V.キムタイ選手が迫り、権太坂の登りを前に、3人が横一線に並ぶ。

15.3km地点の権太坂を、1位の中央大・溜池選手が42分48秒で通過。1位から32秒差で城西大と早稲田大、1位から34秒差で國學院大が通過。

権太坂の下りで、城西大・V.キムタイ選手が早稲田大・山口（智）選手を引き離し単独2位に。さらに18km過ぎ、先頭が変わり、城西大・V.キムタイ選手が1位に浮上。

城西大・V.キムタイ選手は区間新の1時間05分09秒。城西大は大学史上初めて戸塚中継所をトップ通過。続いて中央大、早稲田大、駒澤大、山梨学院大の順で通過。2区をB.キピエゴ選手（3年）が走った山梨学院大が鶴見中継所時点の12位から5位へと順位を上げている。