6区は芦ノ湖から箱根湯本まで、長い下り坂とカーブが続く区間。選手の足に大きな負担がかかる下りではあるが、スピードに乗れば平地のタイム以上が出るのも特徴。長い下りの後、ゴール手前の平地は登り坂のように感じられ、選手たちを苦しめる。

午前8時、青山学院・谷野がスタート。1分33秒後に國學院大・島﨑が、3分17秒後に東京国際大・大上が先頭を追ってスタートした。その後も続々と芦ノ湖を出発し、谷野がスタートしてから10分後、全チームが復路のスタートを切った。

5キロ地点、青山学院・谷野が16分31秒で通過。2位の國學院大・島﨑との差は1分32秒。3位の東海大・館澤は先頭から2分37秒遅れで通過。スタート時から45秒差を詰めた。4位に後退した東京国際大・大上がトップから3分26秒遅れ。さらに明治大、帝京大、駒澤大、創価大が次々と通過する。12位でスタートした東洋大・今西は3つ順位を上げ、先頭から7分24秒遅れの9位で通過。

7キロ地点、スタートから1つ順位を上げ7位を走っていた駒澤大・中村が帝京大・島貫をかわして6位に浮上。

9キロ地点、トップの青山学院・谷野と2位の國學院大・島﨑との差は1分25秒とスタート時から8秒詰まる。3位の東海大・館澤は青山学院との差をさらに詰めて2分24秒差となる。4位の東京国際大・大上はトップ差が3分47秒と広がる。

東洋大・今西はスタートから順位を2つ上げ、9位で小涌園前を通過。

大平台を通過した東海大・館澤だが、トップとの差はなかなか縮まらない。依然として独走を続ける青山学院・谷野は下りに入っても、その順位をキープする走りを見せている。大平台を通過しようとする8位の創価大・葛西に今西が迫るころ、トップの谷野は函嶺洞門を通過。

終盤の平坦なコースは選手にとって登り坂のように感じるため苦しい道のりとなる。
函嶺洞門を1分52秒差で2位の國學院大が通過。続いて3位の東海大が通過する。トップとの差は2分30秒で少し差が開く形となった。16キロ手前の地点で今西は葛西をついに抜いた。

谷野は小田原中継所目前で苦しそうな表情。追いかける館澤は区間新記録への期待がかかる。トップで襷を渡したのは青山学院。続いて襷を渡すのは國學院大。そのすぐ後ろから東海大も襷をつなぎ、館澤は区間新記録を樹立した。