５ｋｍ（以下ｋｍは３区のｋｍ数）ごろ、青山学院・横田選手（４年）が２位に浮上。

７．７ｋｍ地点の藤沢では、中央大・中野選手（３年）が先頭で通過、２位の青山学院・横田選手（４年）、駒澤大・篠原選手（２年）は１３秒差で通過。続いて國學院大・山本選手（２年）が２つ順位をあげて４位で通過。

８ｋｍ過ぎ、創価大、山梨学院大を抜き、順天堂・伊豫田選手（４年）が５位に浮上。

１１．８ｋｍ地点の浜須賀、１位は変わらず中央大。２位も変わらず青山学院と駒澤大。１４．４ｋｍ地点の茅ヶ崎では１位との差が１７秒差と、１位の中央大はじわじわと引き離している。また変わらず４位で國學院大、５位で順天堂が通過。

１８ｋｍ前後、駒澤大・篠原選手（２年）が前に出て、ずっと並走してきた青山学院・横田選手（４年）を引き離し始める。

平塚中継所、中央大・中野選手（３年）が首位を守り襷を繋いだ。まもなく駒澤大・篠原選手（２年）が２位通過。青山学院が３位、國學院大が４位で通過。３区スタート時点で１４位だった早稲田大・井川選手（４年）は一気に順位を上げ５位で襷を繋いだ。

区間賞は中央大・中野選手（３年）の１時間０１分５１秒。