午前８時に箱根・芦ノ湖からまず駒澤大・伊藤選手（１年）がスタート。

駒澤大のスタートから３０秒後に中央大・若林選手（４年）、２分０３秒後に青山学院・西川選手（４年）がスタートした。

１０位以内のシード権争いにも注目。往路８位法政大から往路１３位東海大まで、２分４７秒差で６校がひしめいている。

５ｋｍごろ（以下ｋｍは６区のｋｍ数）地点で駒澤大・伊藤選手（１年）と中央大・若林選手（４年）の差は４３秒、駒澤大・伊藤選手（１年）と青山学院・西川選手（４年）の差は２分３５秒、駒澤大がスタート時点から少し差をつけ始めている。

４位國學院大・島﨑選手（４年）と５位早稲田大・北村選手（３年）は５ｋｍごろ、１２秒の差と縮まり、８ｋｍ過ぎで両者の順位が逆転。

９ｋｍごろの小涌園前では、駒澤大・伊藤選手（１年）と青山学院・西川選手（４年）の差は３分３０秒とさらに開いている。

１３ｋｍ過ぎ、大平台では３位青山学院・西川選手（４年）と４位早稲田大・北村選手（３年）の差が１８秒と縮まっており、１４ｋｍ過ぎには早稲田大が３位に浮上。

１７ｋｍごろの函嶺洞門では駒澤大・伊藤選手（１年）の中央大・若林選手（４年）の差は４４秒。駒澤大・伊藤選手（１年）と早稲田大・北村選手（３年）の差は４分４５秒。

また國學院大・島﨑選手（４年）が４位に浮上。さらに小田原中継所手前、法政大・武田選手（２年）、創価大・濱野選手（４年）が青山学院を抜き次々と５位、６位に順位を上げた。

小田原中継所時点で１位駒澤大、２位中央大、３位早稲田大、４位國學院大、５位法政大、６位創価大、７位青山学院となっている。

区間賞は５８分２２秒の駒澤大・伊藤選手（１年）。