午前8時に箱根・芦ノ湖を青山学院大・石川選手（1年）がスタート。続いて18秒差で早稲田大・山﨑選手（3年）がスタート。

3km（以下kmは区間のkm数）手前、國學院大・後村選手（3年）が中央大・並川選手（2年）を抜き、3位が入れ替わる。

7位でスタートした駒澤大・伊藤選手（4年）は1年での出場時に6区区間賞の実績がある。今回も序盤から区間記録より早いペースで走り、6位の順天堂大との差を詰め、7kmすぎで追い抜く。

9km地点の小涌園では、1位青山学院大と2位早稲田大の差は29秒と少し開いている。3位で中央大と國學院大が並ぶように通過し、ともに1位から1分44秒差。11.6km地点の宮ノ下では、3位中央大が4位國學院大を少し引き離している。

大平台のカーブ、1位青山学院大と2位早稲田大の差は56秒に開いている。小田原中継所直前の地点では、1分41秒差とさらに差がつく。

小田原中継所では青山学院大がトップでたすきリレー、2位早稲田大、3位中央大、4位國學院大、5位城西大が続いた。

6位の駒澤大は伊藤選手が6区史上2人目の56分台（56分50秒）を記録。さらに、8位創価大の小池選手（3年）が快走。6区史上3人目の56分台（56分48秒）を記録し、小池選手が区間賞となった。

10位以内のシード権争いは、箱根・芦ノ湖を11位スタートの中央学院大が10位に浮上している。