小田原中継所では僅差の駒澤大と青山学院。３ｋｍ（以下ｋｍは５区のｋｍ数）過ぎの函嶺洞門では駒澤大・山川選手（１年）と青山学院・脇田選手（４年）の差が少し開いている。

４ｋｍ過ぎ、中央大・阿部選手（２年）が青山学院を抜き２位浮上。

中央大はさらに１位駒澤大との差を詰めていく。７ｋｍ過ぎの大平台のヘアピンカーブではその差は１９秒。２位は中央大、青山学院が３位で通過。

４位争いは、５位の國學院大・伊地知選手（３年）が、４位の東京国際大・川端選手（３年）との差を詰めていく。８ｋｍ過ぎ、國學院大・伊地知選手（３年）が４位へ浮上。

１１ｋｍ過ぎの小涌園前、駒澤大と中央大の差は１５秒。小田原中継所スタート時から２０秒以上詰めてきている。３位の青山学院は駒澤大とは１分１９秒差。４位争いは國學院大と東京国際大が並走。しかし東京国際大・伊地知選手（３年）が抜き再度４位へ。

最高地点の少し前、１５ｋｍ過ぎの芦之湯では駒澤大と中央大の差は２０秒。１８ｋｍ過ぎの元箱根では２８秒差と１位の駒澤大が中央大を引き離す。３位青山学院は２位中央大を１分２６秒差で追いかける。

１９ｋｍ過ぎ、駒澤大・大八木監督が駒澤大・山川選手（１年）に声をかける。駒澤大・山川選手（１年）は５区を１時間１０分４５秒で走り切り、駒澤大は１９年ぶり４回目の往路優勝（５時間２３分１０秒）。

続いて往路２位は５時間２３分４０秒で中央大。トップ駒澤大との差はわずかに３０秒。

往路３位は５時間２５分１３秒で青山学院、トップとの差は２分０３秒。

４位争いは國學院大が逆転。往路４位國學院大、往路５位には早稲田大が浮上した。続いて６位順天堂、７位東京国際大、８位法政大、９位城西大、１０位創価大、１１位東洋大、１２位明治大、１３位東海大、１４位帝京大がフィニッシュ。

復路一斉スタートとなったのは、１５位国士舘大、１６位山梨学院大、１７位大東文化大、１８位日本体育大、関東学生連合、１９位専修大、２０位立教大。

５区の区間賞は、１３位で小田原中継所をスタートし９位まで順位を上げた城西大・山本（唯）選手（３年）。５区を区間新の１時間１０分０４秒で走り切った。