復路最初のコースとなる6区。午前8時に創価大・濱野がスタート。濱野のスタートから2分14秒後に東洋大・九嶋、その7秒後に駒澤大・花崎、その10秒後に帝京大・三原が立て続けにスタート。午前8時10分には繰り上げの4チームもスタートした。
5km時点では花崎、九嶋の2人と濱野との差は2分11秒と、まだ1位と2位の差は大きく縮まってはいない。東海大・川上は5位から4位に順位を上げている。
その後、花崎は九嶋を引き離し単独2位に。
9km地点の小涌園前では花崎は濱野と1分58秒差と、少しずつ先頭との差を縮める。7位でスタートした順天堂大・清水が5位に浮上。
6区終盤、小田原中継所1km前では花崎は濱野と1分16秒差と、スタート時の2分21秒差から1分以上詰めている。
小田原中継所では濱野は先頭で逃げ切り、7区の原富にたすきを繋いだ。続いて花崎が花尾へたすきを繋いだ。花崎は史上最年少で57分台を叩き出した。
3位に川上、4位に九嶋、5位清水が続いた。12位スタートの青山学院・髙橋は10位に順位を上げている。