６区スタート地点の箱根・芦ノ湖。午前８時、青山学院・髙橋選手（４年）がスタート。

青山学院から２分３７秒後、帝京大・北野選手（３年）がスタート、３分２８秒後、駒澤大・佃選手（４年）がスタート、３分４３秒後、國學院大・原選手（１年）と続々スタートしていく。最後に午前８時１０分、５チーム（日体大、明治大、中央学院、専修大、駿河台大）が繰り上げで一斉スタート。

１０位以内のシード権争いも注目。東海大１０位、早稲田大１１位でスタートするも、早稲田大・栁本選手（２年）が３ｋｍ過ぎ（以下ｋｍは６区のｋｍ数）で早くも東海大を抜き１０位に。５ｋｍ過ぎ、芦之湯では１２位でスタートした神奈川大・横澤選手（４年）が早稲田大に次ぐ１１位につけ、６ｋｍ過ぎでは早稲田大を抜いた神奈川大が１０位に浮上するなど、早くも熾烈な争いに。

８ｋｍ過ぎでは神奈川大・横澤選手（４年）のすぐ後ろに法政大・武田選手（１年）がつけ、１１ｋｍ過ぎ、宮ノ下では１３位でスタートした法政大は１０位まで順位を上げている。

２位帝京大とスタート時点で５１秒の差があった３位駒澤大は差を着々と詰め、１３ｋｍ過ぎ、駒澤大・佃選手（４年）が帝京大・北野選手（３年）を追い抜く。しかし帝京大・北野選手（３年）も離されることなく２選手が並走する状態が続く。さらに１５ｋｍ過ぎ、順天堂大・牧瀬選手（４年）が駒澤大・帝京大との差を詰め、１６ｋｍ過ぎでは順天堂大が単独２位に浮上する。

１７ｋｍ過ぎ、順天堂大・牧瀬選手（４年）と駒澤大・佃選手（４年）が並走。帝京大が少し離され、順天堂大と駒澤大が２位を争う。そして６区終盤、駒澤大が単独２位に。

小田原中継所の時点では１位青山学院、２位駒澤大、３位順天堂大となった。また、早くも１０位・１１位が頻繁に入れ替わった６区は終盤に東海大・川上選手（３年）がペースを上げ、東海大が１０位をキープ。１１位の法政大は６区スタート時の１３位から２つ順位を上げた。１２位に神奈川大が続いている。

区間賞は５８分２２秒の順天堂大・牧瀬選手（４年）。